Sesuai dengan Peraturan Daerah Kota Jayapura Nomor 18 Tahun 2016  tentang Susunan Organisasi Dinas Sosial Kota Jayapura terdisi atas :

• KEPALA DINAS
• Sekretaris, terdisi atas :

1. Sub Bagian Umum dam Kepegawaian
2. Sub Bagian Perencanaan, Keuangan dan Pelaporan.

• Bidang Bantuan Sosial, terdiri atas

1. Seksi Bencana Alam/ Sosial;
2. Seksi Perlindungan dan Jaminan Sosial;
3. Seksi Penanganan Korban Tindak Kekerasan

• Bidang Pemberdayaan Rehabilitasi, terdiri dari :

1. Seksi Pelayanan dan Rehabilitasi Penyandang Cacat Tuna Sosial;
2. Seksi Pelayanan dan Rehabilitasi Korban Narkotika
3. Seksi Pelayanan dan Rehabilitasi Anak Jalanan

• Bidang Pemberdayaan Sosial, terdiri dari ;

1. Seksi Pemberdayaan Sosial Masyarakat;
2. Seksi Pemberdayaan Keluarga Lanjut Usia;
3. Seksi Pengembangan Potensi Kesejahteraan Sosial dan LK3.

• UPTD;
• Kelompok Jabatan Fungsional